ภายในพิพิธภัณฑ์บ้านแอน แฟรงค์ ได้จัดทำการแสดงห้องต่างๆ ซึ่งเป็นที่อาศัยหลบซ่อนของครอบครัว แฟรงค์  โดยใช้ตู้หนังสือเป็นสิ่งอำพรางห้องที่่อยู่ถัดไปด้านหลัง  พิพิธภัณฑืยังคงรักษา สิ่งต่างๆ ภายในห้องลับนั้น ไว้อย่างดีเพื่อให้นักท่องเที่ยวได้เข้าไปเยี่ยมชม 

   โดยสามารถจัดแบ่งห้องและโซนได้ตามรูปภาพทางด้านขวา